STAHN Mpu Kuturan Singaraja sejarah historis merupakan pemisahan dari IHDN Denpasar. Pemisahan STAHN Mpu Kuturan Singaraja berawal dari kurang primanya pelayanan administrasi oleh IHDN Denpasar kepada para mahasiswa yang kuliah di Kampus II Singaraja IHDN Denpasar. Padahal sesuai dengan pencanangan Pemerintah Daerah Kabupaten Buleleng menjadikan kota Singaraja menjadi Kota Pendidikan (The City of Science). Oleh sebab itu wajar Pemerintah Daerah dan masyarakat Buleleng berharap untuk memiliki Perguruan Tinggi Hindu Negeri yang menjadi kebanggaan masyarakat Bali pada umumnya dan masyarakat Buleleng pada khususnya serta bukan merupakan cabang dari Perguruan Tinggi lain. Perguruan Tinggi Hindu Negeri di Kabupaten Buleleng ini, nantinya diharapkan menjadi mitra Universitas Pendidikan Ganesha, dan Perguruan Tinggi lainnya untuk menjadi “Think Thank” pembangunan di Bali Utara dalam upaya menyeimbangkan pembangunan Bali secara menyeluruh.

STAHN Mpu Kuturan Singaraja sejarah historis merupakan pemisahan dari IHDN Denpasar. Pemisahan STAHN Mpu Kuturan Singaraja berawal dari kurang primanya pelayanan administrasi oleh IHDN Denpasar kepada para mahasiswa yang kuliah di Kampus II Singaraja IHDN Denpasar. Padahal sesuai dengan pencanangan Pemerintah Daerah Kabupaten Buleleng menjadikan kota Singaraja menjadi Kota Pendidikan (The City of Science). Oleh sebab itu wajar Pemerintah Daerah dan masyarakat Buleleng berharap untuk memiliki Perguruan Tinggi Hindu Negeri yang menjadi kebanggaan masyarakat Bali pada umumnya dan masyarakat Buleleng pada khususnya serta bukan merupakan cabang dari Perguruan Tinggi lain. Perguruan Tinggi Hindu Negeri di Kabupaten Buleleng ini, nantinya diharapkan menjadi mitra Universitas Pendidikan Ganesha, dan Perguruan Tinggi lainnya untuk menjadi “Think Thank” pembangunan di Bali Utara dalam upaya menyeimbangkan pembangunan Bali secara menyeluruh.

Hingga pada tahun 1980 sampai tahun 1990 jumlah siswa mengalami peningkatan mencapai 2575 orang. Adapun asal siswa yang bersekolah di PGAH Negeri Singaraja bukan hanya berasal dari Singaraja, tetapi juga dari Kabupaten Jembrana, Tabanan, Bangli, Karangasem, bahkan dari luar daerah seperti Sumatera, Jawa Timur, Jawa Tengah, Sulawesi, dan Kalimantan. Akibat dilikuidasinya PGAHN Singaraja menjadi APGAHN Denpasar, maka semua aset PGAH Negeri Singaraja menjadi aset APGAHN Denpasar di gedung beserta asset eks PGAH Negeri Singaraja difungsikan sebagai kampus II Singaraja. Peningkatan status selanjutnya dari APGAHN menjadi STAHN Denpasar pada tahun 1999, akhirnya pada tahun 2004 meningkat statusnya menjadi IHDN Denpasar termasuk Kampus II Singaraja.

Masalah tersebut patut menjadi dasar pemikiran dan pertimbangan bahwa sungguh bersifat logis dan rasional untuk mengambil langkah signifikan dalam bentuk pemisahan antara IHDN Denpasar dengan kampus II di Singaraja, untuk menjadi perguruan tinggi baru di kota Singaraja yakni Sekolah Tinggi Agama Hindu Negeri Mpu Kuturan Singaraja. Menyambut harapan Pemerintah Daerah dan masyarakat Buleleng untuk memiliki Perguruan Tinggi Hindu Negeri, dengan jiwa besar dan tulus ikhlas, panitia dan masyarakat Buleleng memohon kepada pihak Pemerintah Pusat dan pihak terkait, agar IHDN Denpasar kampus II di Singaraja dapat dipisahkan, sehingga proses perkuliahan dapat berjalan dengan lebih efektif dan efesien. Dalam upaya pemisahan dari IHDN Denpasar menjadi STAHN Mpu Kuturan Singaraja, sudah mendapat dukungan dari berbagai pihak, diantaranya; Pemerintah Provinsi Bali, DPRD Bali, Kepala Kantor Kementerian Agama Provinsi Bali, Parisada Hindu Dharma Indonesia (PHDI) Pusat, Parisada Hindu Dharma Indonesia (PHDI) Bali, Pemerintah Kabupaten Buleleng, DPRD Buleleng, Dinas Pendidikan Kabupaten Buleleng, Kepala Kantor Kementerian Agama Kabupaten Buleleng, PHDI Buleleng, Majelis Madya Desa Pakraman Kabupaten Buleleng, Perguruan Tinggi Negeri dan Swasta di Kabupaten Buleleng, SMA/SMK se-Kabupaten Buleleng, Ormas Persatuan Pemuda Hindu Indonesia, KMHDI, WHDI, BEM IHDN Denpasar. Keberadaan Sekolah Tinggi Agama Hindu Negeri di Singaraja yang saat ini berawal dari ide Bapak Dirjen Bimas Hindu yaitu Bapak Prof. Drs. I Ketut Widnya M.Phil.D.Phil. dan perjuangan para dosen yang tinggal menetap di kota Singaraja dan sekitarnya. Selanjutnya Rektor IHDN Denpasar Prof. Dr. Drs. Nengah Duija, M.Si menunjuk Bapak Dr. Drs. I Wayan Suarjaya, M.Si. sebagai ketua panitia pemisahan.

STAHN Mpu Kuturan Singaraja untuk diusulkan memisahkan diri dari IHDN Denpasar. Akhirnya atas perjuangan dosen-dosen yang ada di Singaraja, s erta adanya petunjuk dari Bapak Dirjen Bimas Hindu untuk memberikan nama STAHN Mpu Kuturan dalam usulan pemisahan yang awalnya diusulkan nama STAH Negeri Singaraja, akhirnya disepakati nama STAHN Mpu Kuturan Singaraja. Berawal dari upaya napaktilas yang dilakukan oleh panitia pemisahan STAHN Mpu Kuturan dari IHDN Denpasar pada saat itu panitia tangkil ke pura-pura yang ada kaitannya dengan Mpu Kuturan mulai dari Pura Agung Pulaki, Pura Pemuteran, Pura Kerta Kawat, Pura Ponjok Batu, Pura Bukit Sinunggal, Pura Batur, Pura Silayukti dan Pura Samuhan Tiga. Atas asungwaranugraha Ida Mpu Kuturan maka akhirnya turun SK Menteri Agama Nomor 14 Tahun 2016 STAH Negeri Mpu Kuturan Singaraja diresmikan pada tanggal 22 Maret 2016. Adapun jurusan yang dibuka pada saat itu adalah Jurusan Dharma Acarya, Jurusan Dharma Duta, Jurusan Brahma Widya dan Jurusan Dharma Sastra. Jurusan Dharma Acarya menaungi Program Studi Pendidikan Guru Sekolah Dasar (S-1), Pendidikan Guru Pendidikan Anak Usia Dini (S1), Pendidikan Agama Hindu (S-1), Sastra Agama dan Pendidikan Bahasa Bali (S-1), Jurusan Dharma Duta yang menaungi Program Studi Penerangan Agama Hindu (S-1), Pariwisata Budaya Hindu (S-1), Ilmu Komunikasi (S-1), Jurusan Brahma Widya yang menaungi Program Studi Filsafat Hindu (S-1) Teologi Hindu (S-1) dan Jurusan Dharma Sastra yang menaungi Program Studi Hukum Hindu. Seiring perkembangannya STAH N Mpu Kuturan pada tahun 2017 berhasil membentuk Program Pascasarjana Magister Pendidikan Agama Hindu dengan Ijin Operasional Dirjen Bimas Hindu No. 176 Tahun 2017. Ketua Pertama yang dutunjuk oleh Menteri Agama Lukman Hakim Saifuddin pada waktu itu adalah adalah Prof. Dr. I Made Suweta, M.Si masa bhakti 2016-2020. Selanjutnya dilanjutkan Dr. I Gede Suwindia., M.A Periode 2020-2024 sesuai dengan SK Menteri Agama Nomor Menteri Agama RI No 019010/B.II/3/2020 tertanggal 20 Juli 2020, serta dilantik langsung oleh Menteri Agama RI Fachrul Razi di auditorium H. Rasyidi Gedung Kementrian Agama RI, Jakarta Kamis, 23 Juli 2020.